사람의 심리적 속성을 설명할 때 유전자와 뇌는 강조하면서 생각은 배제하고 설명하는 방식이 주를 이루게 된 것도 또 다른 주제로 다루고 있다. 자연 과학자들은 생각이 인간의 행동에 자율적으로 영향을 미친다고 인정하기를 주저하게 됐다. 유전자나 뇌 회로와 달리 생각은 실체가 없고, 시각화할 수도 없고, 주된 연구 대상인 쥐에는 존재하지 않기 때문이다. 뇌의 활동에서 등장하는 생각이 뇌와는 어느 정도 독립적인 부분적 자율성을 갖고 있는 것이 사실이라면 과학자들은 동물 모형을 이용해 인간의 욕구와 걱정을 밝히는 관행에 의문을 제기할 수밖에 없을 것이다. 예를 들면 좁은 관 속에 구속된 쥐의 반응을 방금 직장을 잃어버린 세 자녀를 둔 미혼모의 반응과 동일시할 수도 없을 것이며, 조명이 밝게 켜진 골목으로 들어가지 않으려는 쥐의 상태가 코앞으로 다가온 시험 때문에 불안해서 불면증에 걸린 청소년의 상태와 비슷하리라 가정할 수도 없을 것이다. 따라서 제약회사에서도 밝은 골목을 피해 다니는 쥐에게 어떤 약물로 긍정적인 효과를 보았다고 해서 그 약이 사람에게도 불안을 감소시켜주는 효과가 있을 거라 주장하지는 못할 것이다.
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